Alles fing im Sommer 1993 an. Zu dieser Zeit wurde Desihra gegründet, eine Band die eine Mischung aus nahezu allen Stilrichtungen des Metals spielte. Die Band zerbrach 1995 schlussendlich aufgrund fehlender Motivation, live zu spielen oder Demos aufzunehmen. Manche Songs von Desihra wurden von der Nachfolgerband Nocte Obducta aufgegriffen, die zunächst aus Marcel an der Gitarre und am Gesang, Alex am Keyboard und Gesang, und den Desihra Mitgliedern Limbach am Schlagzeug und Basser S. Magic M. bestand. Später wurde der Bass von Sathonys übernommen und Torsten stieß zur Band als fester Sänger hinzu.

Nach einigen Problemen mit verschiedenen Proberäumen ersetzte Matthias - Drummer von Agathodaimon - den bisherigen Mitstreiter und es wurde im Januar 1998 das erste Demo ".. doch lächeln die blutleeren Lippen / Begräbnisvermählung" aufgenommen. Einige Gigs später war der Plattenvertrag mit Grind Syndicate Media (GSM) die Folge der guten Reaktionen auf das aufgenommene Demo. Im Sommer 1998 ging die Band erneut in die Black Solaris Studios in Frankfurt, um die erste Platte, "Lethe (Gottverreckte Finsternis)" aufzunehmen. Wegen einigen Schwierigkeiten und unglaublich schlechtem Sound entschied die Band, das Album in den Steinberger Studios erneut aufzunehmen, wo auch das Demo entstand. So wurde 1998 das Debüt "Lethe" veröffentlicht und seitens der Presse mit erneut überaus positiven Kritiken bedacht.

Im Frühling 1999 verließ Alex die Band, es wurde aber in Steffen Emanon schnell ein würdiger Ersatz gefunden. Mit diesem neuen Line up nahmen Nocte Obducta im August 1999 das zweite Album "Taverne (In Schatten schäbiger Spelunken)" auf, welches das Top-Album im Legacy Soundcheck wurde und durchweg positive Kritiken erhielt. Kurz danach musste Sathonys im November 1999 die Band verlassen und Shin stieß als Ersatz hinzu.

Die Arbeit mit der Plattenfirma erwies sich nicht gerade als positiv, dennoch nahm die Band zwei Alben in nur einem Jahr auf, namentlich "Galgendämmerung (Von Nebel, Blut und Totgeburten)" und "Schwarzmetall (Ein primitves Zwischenspiel)". S. Magic M. verließ die Band während und Shin nach den Aufnahmen zu "Galgendämmerung", die aufgrund fehlender finanzieller Möglichkeiten mehr Zeit in Anspruch nahmen als erwartet.

Nach den Arbeiten zur "Galgendämmerung" übernahm Flerik den Posten des Bassisten. Der Band standen nun mit Thomas an der zweiten Gitarre neue Möglichkeiten offen und steuerten auf das fünfte Album zu, doch noch vor den Aufnahmen dazu musste Flerik aus zeitlichen Gründen die Band wieder verlassen und wurde durch Patrick ersetzt, Flerik ist nur auf der "Wurzelgeister"-Compilation zu hören. Im März 2003 unterzeichneten NOCTE OBDUCTA einen Vertrag mit Supreme Chaos Records und gingen in die Maranis Studios, um "Stille (Das nagende Schweigen)" aufzunehmen. Das Album wurde Juli 2003 auf CD und Vinyl veröffentlicht. Im Februar 2004 wurde "Schwarzmetall" aufgrund anhaltender Nachfrage als Vinyl-Version neu aufgelegt.

März 2004 schloss die Band die Studio-Aufnahmen - erneut in den Maranis Studios - zu "Nektar" ab, das über zwei Alben erscheinen sollte. Der erste Teil "Nektar - Teil 1 (Zwölf Monde, eine Handvoll Träume)" wurde im August 2004 veröffentlicht. Den Abschluss des Nektar-Doppel-Epos bildete das Album "Nektar - Teil 2 (Seen, Flüsse, Tagebücher)", welches im April 2005 veröffentlicht wurde. Alle Reaktionen auf beide Albun, ob seitens der Presse oder seitens der Fans, waren absolut überwältigend.

Im Jahr 2006 gab die Band überraschend ihre Auflösung bekannt, versprach jedoch gleichzeitig, ein Abschiedsalbum aufzunehmen. Die Aufnahmen zu "Sequenzen einer Wanderung" begannen Ende 2006, wurden jedoch erst 2008 fertiggestellt. Das Album wurde im Dezember veröffentlicht und polarisierte die Szene aufgrund des neuartigen, eher rockigen Ansatzes völlig, der vielleicht als Mischung aus psychodelischem, emotionalen Art Rock und modernem, progressiven Extrem-Metal beschrieben werden kann. Die Reaktionen der Presse würdigten im Besonderen den Einfluss von NOCTE OBDUCTA als Pioniere der modernen Avantgarde Metal Bewegung.